Après 15 années de guerre civile qu’il a menée contre le pouvoir en place, Yoweri Museveni devient président de la république ougandaise en 1986. Il instaure un régime de « démocratie sans parti » ou « movement system ». En remportant les élections présidentielles de 1996, puis de 2001 et les législatives du 26 juin 2001, il conforte son pouvoir. En juillet 2005, sous la pression de la société civile, un référendum est organisé qui entérine le multipartisme, mais le président Museveni obtient une modification de la Constitution qui lui permet de briguer un 3ème mandant. Il remporte ainsi les premières élections présidentielles et parlementaires multipartites le 23 février 2006. De 1986 à 2006, l’Armée de la résistance du Seigneur (LRA) combattra l’armée régulière dans le nord du pays, afin, sans succès, de renverser Yuseveni. Le 26 août 2006, des négociations de paix entre la LRA et le gouvernement ougandais aboutissent à la signature d’un Accord de cessation des hostilités. Par la suite, en février 2008, toute une série d’Accords ont permis d’apaiser la situation dans le nord du pays. Toutefois, face au refus obstiné du chef de la LRA, Joseph Kony, de signer l’Accord final de paix, le gouvernement lancera, le 14 décembre 2008, l’opération « Lightning Thunder » contre les bases de la LRA en République démocratique du Congo (RDC). Cette opération, menée en collaboration avec les armées congolaises et sud-soudanaises, n’a pas, à ce jour, permis d’arrêter Joseph Kony, ni de mettre un terme effectif à la rébellion de la LRA qui reste une menace en particulier pour le Sud-Soudan, le nord-est de la RDC, voire la République centrafricaine.