Les Comores sont constituées de trois îles : Grande Comore, Mohéli et Anjouan. Le 23 décembre 2001, par référendum relançant le processus de réconciliation nationale, les trois îles forment une entité avec une Constitution sous l’égide de l’OUA : l’Union des Comores. C’est une république fédérale à régime présidentiel multipartite décentralisé. Le président de chaque île assure la présidence fédérale à tour de rôle. Il n’y a pas de premier ministre. Conformément à la Constitution, le pays a organisé des élections en 2006 qui ont été remportées par Ahmed Abdallah Sambi. La rivalité entre les îles et le pouvoir central perturbent la vie institutionnelle des Comores. Ainsi, en mars 2008, l’autorité centrale, considérant que la Constitution n’est pas respectée à Anjouan sous contrôle du Colonel Mohamed Bacar, a décidé de conquérir militairement cette île, sans effusion de sang, avec l’appui de l’Union africaine. Suite à cela, un référendum constitutionnel tenu le 22 mai 2009 a renforcé les pouvoirs de l’Union, les présidents des îles devenant des « gouverneurs » aux pouvoirs réduits. L’islam était appelé, à l’occasion, à devenir une « religion d’Etat ».